Babel CLIには babel-node というコマンドが付属していて、これはES2015+のスクリプトをそのまま実行できるという便利ツールです。
babel-nodeは大変便利なのですが、guardのpluginであるguard-process とは相性がわるく、babel-nodeで立ち上げたnode serverプロセスの再起動がうまくできません。これは nodeの process.spawn() まわりの問題だと思うのですが、詳細は調べていません。
ただし、babel-node は kexec がインストールされているとそちらを使います。そこで yarnpkg add -D kexec するだけでguardで管理できるようになります。これはドキュメントに乗っていないので、ここにメモしておきます。
該当コードはこのあたりです。
https://github.com/babel/babel/blob/master/packages/babel-cli/src/babel-node.js#L77-L94